漳州主要宗教有道教、佛教、基督教。唐初，道教、佛教已流传于漳州各地；明代中期，基督教派天主教传人；鸦片战争以后，基督教新教乘门户开放时传人。

漳州古称佛国，自唐代至元代，境内寺院600多所，不少著名寺院建于唐、宋。五代王审知主闽，倡导佛教，倡建寺院。寺多，僧多，寺田多。南宋时，陈淳称：漳州僧侣“极为饶富，十漳州之产，而居其七。”唐、宋两代，漳州有20名著名僧人，载人《五灯会元》和《宋高僧传》。

漳州著名道观建于唐、宋，著名道人见于宋代。名扬闽南、台湾和东南亚各地的吴夲，于宋至道二年（996年）学道云游，一生以治病济人为愿，百姓至今仍尊称为“大道公”而崇仰奉祀。

漳州道、佛两教不相斥。境内各地佛、道合一现象普遍，道子也崇信浮屠之学，有的地方僧人与道徒居处同一宫寺，奉祀道祖和佛祖。不少佛寺立道教俗神造像，僧尼对佛、道偶像同样虔敬礼拜，民间百姓更是佛、道无别，见神见佛都烧香膜拜。

天主教和基督教新教传人漳州之初，受到政府地方官的抵制，漳浦知县陈汝咸曾于康熙年间拒阻天主教传教。漳州百姓早对外国列强侵略深怀痛恨，对外国传教活动更存戒心，因此传教活动不顺利，教徒发展极少。清代末年，教会与当地群众存在对立情绪，先后发生“诏安教案”，龙溪“古县教案”，“漳浦教案”，云霄“山仔顶教案”。基督教和天主教因有外国列强作靠山，后来以教会学校和教会医院、育婴堂为据点，发展迅速。